La iglesia fortaleza de Santa María, s.XV-XVI, tiene un paso de ronda espectacular y detalles tan curiosos como el escudo imperial de Carlos V en el coro plateresco, con los reinos de su imperio y toda su familia, incluidos sus padres, Juana la Loca y Felipe el Hermoso. Todavía hoy está impoluto y lo puedes ver.
Tonalidades e iconografías deliciosas en homenaje al emperador por su victoria sobre el conde de Salvatierra en la batalla de Durana.
El gran retablo de la iglesia es de Lope de Larrea, gran escultor de piedra y madera nacido en Agurain. Una ikastola del municipio lleva su nombre como homenaje.
La oficina de turismo de Agurain organiza junto a Álava Medieval visitas guiadas para conocer esta iglesia y la de San Juan, que es otro templo fortaleza impactante de estilo gótico.
